L'autorité administrative mentionnée à l'article L. 254-9 est le préfet de région, pour les décisions de suspension ou de retrait mentionnées aux 1° et 2°, et le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ou le directeur de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt en Guadeloupe, en Guyane, en Martinique, à La Réunion ou à Mayotte, pour celles mentionnées au 3° de ce même article.
S'il apparaît, lors de contrôles effectués par les agents mentionnés aux articles L. 250-2 et L. 254-11, que les conditions d'exercice d'une ou plusieurs activités ne sont pas satisfaites, dans tout ou partie des établissements du détenteur de l'agrément, le préfet peut suspendre l'exercice de la ou des activités du détenteur de l'agrément pour tout ou partie de ses établissements, au sens du III de l'article L. 254-1.
Le préfet de région notifie au détenteur de l'agrément la décision de suspension, dans laquelle il indique les motifs de cette mesure ainsi que, le cas échéant, le délai dont dispose le détenteur pour y mettre fin.
A l'issue de ce délai, si le détenteur ne s'est pas conformé aux exigences mentionnées dans la décision de suspension, ou sans délai en cas d'urgence, le préfet de région peut retirer l'agrément du détenteur, pour tout ou partie de ses activités et de ses établissements.
Le préfet de région informe l'organisme certificateur de l'entreprise concernée de toute décision de suspension ou de retrait dans un délai de quinze jours.