La grande commission nautique est consultée :
1° Lors de l'instruction relative aux travaux de construction, d'extension et de modernisation des ports maritimes civils relevant de la compétence de l'Etat et des ports relevant des collectivités territoriales ou de leurs groupements, lorsque ces travaux comportent une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès ;
2° Lors de l'instruction préalable à l'octroi des concessions d'outillage public ou d'autorisations d'outillages privés avec obligation de service public, dans les ports maritimes civils relevant de la compétence de l'Etat et les ports relevant des collectivités territoriales ou de leurs groupements, lorsque ces opérations comportent une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès ;
3° Sur la mise en place du balisage des activités de recherche ou d'exploitation des ressources naturelles dans les eaux sous souveraineté ou juridiction française ;
4° Sur la signalisation maritime implantée dans les eaux sous souveraineté ou juridiction française, pour :
a) Les demandes de création, de modification ou de suppression d'aides à la navigation maritime sortant du cadre du référentiel nautique et technique ;
b) Les demandes de création, de modification ou de suppression d'aides à la navigation maritime présentant des enjeux spécifiques, et, le cas échéant, leur cohérence ;
c) L'adoption et les modifications ou évolutions du référentiel nautique et technique ;
d) Le déploiement d'innovations technologiques non intégrées au référentiel nautique et technique.
Le ministre chargé de la mer peut également consulter la grande commission nautique sur toute question liée à la signalisation maritime et aux systèmes d'organisation de la navigation, et notamment les orientations générales de la politique nationale de surveillance et de sécurité de la navigation.