Pour les étudiants de troisième cycle inscrits dans les spécialités de pharmacie et d'innovation pharmaceutique et recherche, le mémoire du diplôme d'études spécialisées tient lieu, le cas échéant, de thèse en vue de l'obtention du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie.
Pour les étudiants de troisième cycle et les assistants des hôpitaux des armées inscrits dans la spécialité de pharmacie hospitalière, la thèse est soutenue dans les conditions définies à l'article 44 de l'arrêté du 4 octobre 2019 portant organisation du troisième cycle long des études pharmaceutiques.