L'IHEMI organise chaque année au titre de la formation en fonction des ressources budgétaires qui lui sont allouées :
- une ou plusieurs sessions nationales générales ou thématiques et des cycles supérieurs spécialisés ;
- des sessions et formations européennes et des sessions internationales ;
- des colloques, des forums, des ateliers de travail à distance, des évènements numériques ou en présentiel, et des sessions régionales ;
- un programme d'accompagnement de recherches doctorales en lien avec des universités, notamment pour délivrer des doctorats par validation des acquis de l'expérience (VAE).
Il peut organiser, notamment en liaison avec des universités françaises et internationales et des organismes de formation et de recherche en matière de défense et de relations internationales, tout cycle d'information, de perfectionnement ou d'études relatif à l'exercice de ses missions.
Les auditeurs admis à suivre les sessions nationales ou régionales sont désignés par arrêté du ministre de l'intérieur sur proposition du directeur de l'IHEMI.
Les auditeurs étrangers des sessions européennes ou internationales sont désignés par les Etats ou les organismes internationaux dont ils relèvent, après une consultation du ministre des affaires étrangères.
Pendant la durée des sessions, les auditeurs ne sont ni administrés ni rémunérés par l'IHEMI. Les auditeurs, magistrats ou fonctionnaires civils et militaires de l'Etat et les agents soumis à un statut de droit public bénéficient des dispositions statutaires qui les régissent, notamment en matière de couverture de risques. Les autres auditeurs sont, pendant la durée des sessions, des collaborateurs bénévoles et occasionnels du service public.