Le conseil de direction de l'institut comprend :
1° Le directeur de l'institut ;
2° Dans le cas où un directeur adjoint a été nommé, le directeur adjoint ;
3° Le président de l'Ecole pratique des hautes études ou la personne qu'il désigne ;
4° Le président de l'Institut national des langues et civilisations orientales ou la personne qu'il désigne ;
5° Le directeur de l'Institut des sciences humaines et sociales du Centre national de la recherche scientifique ou la personne qu'il désigne ;
6° Le représentant de chaque établissement partenaire de l'institut ;
7° Un représentant du ministère chargé de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation ;
8° Huit personnalités qualifiées externes à l'Ecole pratique des hautes études nommées par le conseil d'administration de cette Ecole sur proposition du directeur de l'institut après avis des autres membres du conseil de direction ; ces nominations tiennent compte de la parité entre les femmes et les hommes à chaque renouvellement ;
9° Le doyen de la section des sciences historiques et philologiques de l'Ecole pratique des hautes études, ou la personne qu'il désigne ;
10° Un représentant élu de la section des sciences historiques et philologiques de l'Ecole pratique des hautes études ;
11° Un représentant élu de la section des sciences religieuses de l'Ecole pratique des hautes études ;
12° Un représentant élu du personnel de l'institut ;
13° Un représentant élu des usagers de l'institut.
Les membres du comité de pilotage de l'institut participent au conseil de direction avec voix consultative.
Le conseil de direction élit son président parmi les personnalités qualifiées, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.
Le conseil de direction délibère sur les orientations générales de l'institut et son budget, ainsi que sur la désignation des établissements partenaires.
Il donne un avis sur l'offre de formation proposée au sein de l'institut.
Le conseil de direction est réuni au moins une fois par an à l'initiative de son président ou de la moitié de ses membres. Son ordre du jour est fixé par son président, en accord avec le directeur de l'institut.
Le mandat des élus et des personnalités qualifiées est d'une durée de quatre ans. Il est renouvelable une fois.
Les modalités d'élection des représentants élus du personnel et des usagers de l'institut sont fixées par son règlement intérieur.
L'agent comptable de l'Ecole pratique des hautes études siège avec voix consultative lorsque l'ordre du jour le requiert. Le conseil de direction peut, en fonction de son ordre du jour, entendre toute personne dont il souhaite recueillir l'avis.