L'institut est un centre de formation, d'expertise et de ressources sur les langues rares, avec ou sans tradition écrite.
L'institut forme des personnes de tout âge et de tous horizons, en formation initiale, continue ou tout au long de la vie, et accorde une importance particulière au niveau de l'initiation. Il organise des cours, séminaires, sessions intensives de langues et de linguistique de terrain, ainsi que des enseignements transversaux d'histoire, de linguistique, de littérature des différentes cultures qui se sont développées autour de ces langues ; il organise également des cycles de conférences pour le grand public.
Pour l'exercice de ses missions, l'institut s'appuie sur les compétences scientifiques de l'Ecole pratique des hautes études et des laboratoires dans lesquels ses enseignants-chercheurs exercent leur activité de recherche, en partenariat avec l'Institut national des langues et civilisations orientales et ses principaux laboratoires.
L'institut exerce ses activités en liaison avec la communauté́ universitaire, ainsi qu'avec les administrations, établissements et organismes de l'Etat et des collectivités territoriales et les acteurs du monde économique et associatif. Il a vocation à coopérer avec toute institution, organisation ou association française, étrangère ou internationale, gouvernementale ou non gouvernementale, concernée par ses thématiques.