La thèse est un travail de recherche ou un ensemble de travaux approfondis qui relèvent de la pratique de la spécialité préparée. Elle est rédigée par l'étudiant et peut porter sur un thème spécifique de recherche clinique ou fondamentale. Le sujet de thèse est préalablement approuvé par le coordonnateur local de la spécialité dont relève l'étudiant en liaison, pour les internes des hôpitaux des armées et les assistants des hôpitaux des armées, avec le médecin des armées mentionné à l'article R. 632-50 du code de l'éducation ou le pharmacien des armées mentionné à l'article D. 633-31 du même code. Il est mentionné au contrat de formation. L'étudiant choisit son sujet au plus tard avant la fin du deuxième semestre validé de la phase 2.
Par dérogation au précédent alinéa, pour les spécialités dont la durée de formation est de trois ans, l'étudiant choisit son sujet au plus tard avant la fin de la dernière phase de formation.
La thèse conduisant au diplôme d'Etat de docteur en médecine est soutenue devant un jury composé d'au moins trois membres dont le président du jury, professeur des universités titulaire des disciplines médicales désigné par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche médicale concernée. Un médecin des armées peut faire partie d'un jury de thèse. Lorsque ce praticien est professeur agrégé du Val-de-Grâce, il peut présider le jury.
Pour la médecine générale, le jury peut être composé en tant que de besoin d'enseignants associés de médecine générale, à l'exception de son président.
Pour les étudiants de troisième cycle des études de pharmacie affectés dans la spécialité biologie médicale, la thèse conduisant au diplôme d'Etat de docteur en pharmacie est soutenue devant un jury présidé par un enseignant-chercheur habilité à diriger des recherches, titulaire des disciplines pharmaceutiques. Le jury de thèse est composé d'au moins trois membres désignés par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques. Deux membres du jury sont titulaires du diplôme de pharmacien ou du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie. Un praticien des armées peut faire partie d'un jury de thèse. Lorsque ce praticien est professeur agrégé du Val-de-Grâce, il peut présider le jury.
Pour les spécialités dont la durée de formation est supérieure à trois ans, la thèse est soutenue avant la fin de la phase d'approfondissement.
Pour les spécialités dont la durée de formation est de trois ans, la thèse est soutenue au plus tard trois ans après la validation de la dernière phase dans le délai défini à l'article R. 632-20 du code de l'éducation.