Le pôle d'expertise de la régulation numérique est dirigé par un directeur nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, de la communication et du numérique.
Le directeur soumet chaque année à l'approbation des ministres chargés de l'économie, de la communication et du numérique les orientations stratégiques annuelles, le programme de travail et l'allocation des ressources prévisionnelles du service, et assure auprès d'eux le suivi régulier de son exécution.