Le cas échéant, le budget de l'établissement prend en compte les charges d'exploitation couvertes par des subventions attribuées par d'autres administrations.
La dotation globale de financement de ces CHRS est égale à la somme des produits obtenus pour chaque GHAM qu'ils mettent en œuvre, complétée, le cas échéant, des financements octroyés pour d'autres dispositifs, de crédits non reconductibles ou de crédits « Stratégie pauvreté », et diminués des recettes en atténuation retenues au budget.
Une place autorisée et financée ne peut être comptabilisée dans plusieurs GHAM.