Ile-de-France Mobilités est administré par un conseil de trente et un membres, comprenant :
1° Seize représentants élus parmi ses membres par le conseil régional d'Ile-de-France ;
2° Cinq représentants élus parmi ses membres par le conseil de Paris ;
3° Sept représentants, à raison d'un par département, élus parmi leurs membres respectivement par les conseils généraux des Hauts-de-Seine, de la Seine-Saint-Denis, du Val-de-Marne, de l'Essonne, des Yvelines, du Val-d'Oise et de Seine-et-Marne ;
4° Un représentant de la chambre régionale de commerce et d'industrie d'Ile-de-France, désigné par la chambre ;
5° Un représentant des présidents d'établissements publics de coopération intercommunale d'Ile-de-France élu en son sein par le collège des présidents d'établissements publics de coopération intercommunale d'Ile-de-France au scrutin majoritaire à deux tours selon les modalités fixées par les article R. 1241-3 et R. 1241-4 ;
6° Un représentant des associations des usagers des transports, désigné par le président du conseil d'administration. Ce représentant ne peut être également membre du comité des partenaires.
Le comité des partenaires mentionné au 2° du III de l'article L. 1241-1 désigne un de ses membres pour participer à titre consultatif au conseil d'Ile-de-France Mobilités.