Le conseil d'Ile-de-France Mobilités est présidé par le président du conseil régional d'Ile-de-France ou par un élu du conseil régional désigné par le président du conseil régional parmi les membres du conseil d'Ile-de-France Mobilités.
Quatre vice-présidents sont élus par le conseil parmi ses membres :
1° Un vice-président parmi les représentants du conseil régional d'Ile-de-France ;
2° Un vice-président parmi les représentants du conseil de Paris ;
3° Un vice-président parmi les représentants des conseils généraux des Hauts-de-Seine, de la Seine-Saint-Denis et du Val-de-Marne ;
4° Un vice-président parmi les représentants des conseils généraux de Seine-et-Marne, des Yvelines, de l'Essonne et du Val-d'Oise.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil est présidé par le vice-président élu parmi les représentants de la région.