L'agent en mission peut utiliser son véhicule terrestre à moteur pour les besoins du service sur autorisation du directeur de la structure ou du chef de service, notamment en cas d'indisponibilité d'un véhicule de service.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie ou un gain de temps appréciables, ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transports en commun, soit pour des raisons impérieuses de service.
L'agent en mission est indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques correspondant au trajet le plus court, ainsi que des frais de péage et de stationnement dans la limite de 72 heures.