La sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et des voies navigables :
― planifie les grands projets de développement des infrastructures de transports ferroviaires et des voies navigables relevant de l'Etat en relation avec le Commissariat général au développement durable ;
― définit, en liaison avec les maîtres d'ouvrage des réseaux d'infrastructures concernés, les modalités de financement de ces projets et précise la répartition des risques entre les intervenants ;
― programme et gère les opérations contractualisées d'infrastructures de transport ferroviaires hors Ile-de-France ;
― oriente et contrôle la modernisation des réseaux ferroviaires et des voies navigables ;
― exerce la tutelle de SNCF Réseau et de Voies navigables de France ;
― élabore et met en œuvre la réglementation et la régulation économique des infrastructures de transports ferroviaires ;
― exerce les attributions du ministre en matière de réglementation relative à l'usage des infrastructures de transports ferroviaires ;
― assiste l'adjoint du commissaire général aux transports et le commissaire délégué aux transports terrestres.