Le retrait pour quelque cause que ce soit d'une certification attestant la conformité aux normes mentionnées à l'article R. 212-23 entraîne automatiquement la cessation de l'agrément.
En cas d'expiration d'une certification attestant la conformité aux normes mentionnées à l'article R. 212-23, l'agrément peut être seulement suspendu si le renouvellement de la certification est en cours et soumis à l'autorité de certification. Dans l'attente qu'il soit statué définitivement sur le renouvellement, cet état permet la conservation des archives déjà déposées mais suspend l'agrément en tant qu'il sert de fondement à de nouveaux dépôts.
En cas de divulgation non autorisée d'archives ou de manquements graves du dépositaire à ses obligations mettant notamment en cause la confidentialité, l'intégrité, la sécurité et la pérennité des archives déposées, le préfet ayant attribué l'agrément peut, à titre conservatoire, dans l'attente qu'il soit statué définitivement sur le projet de retrait d'agrément, prononcer la suspension de l'agrément en tant qu'il sert de fondement à de nouveaux dépôts.
Lorsqu'il envisage de procéder au retrait d'un agrément en application du II de l'article L. 212-4, le préfet en communique les motifs à la personne agréée, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, l'appelle à formuler dans les deux mois ses observations, écrites ou, à sa demande, orales, et mentionne la faculté qui lui est offerte de se faire assister ou représenter par le conseil de son choix.
La décision de retrait de l'agrément est notifiée à la personne agréée intéressée, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Elle est motivée et mentionne les voies et délais de recours. Elle met fin de plein droit à la conservation des archives déposées et entraîne leur restitution aux déposants. Les frais de restitution des archives déposées sont à la charge du dépositaire.
Les décisions de retrait de l'agrément sont publiées au recueil des actes administratifs de la préfecture.