Le conseil d'orientation est présidé par le directeur des affaires maritimes ou son représentant.
Outre son président, le conseil d'orientation est composé de :
1° L'inspecteur général des affaires maritimes ou son représentant ;
2° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
3° Le directeur des services de transport ou son représentant ;
4° Le directeur en charge des pêches maritimes et de l'aquaculture, ou son représentant ;
5° Le directeur de l'eau et de la biodiversité ou son représentant ;
6° Le directeur général de l'Ecole nationale supérieure maritime ou son représentant ;
7° Le secrétaire général du ministère chargé de la mer ou son représentant ;
8° Un directeur interrégional de la mer ou son représentant ;
9° Un directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement ou son représentant ;
10° Un directeur départemental des territoires et de la mer ou son représentant ;
11° Trois personnalités désignées en raison de leurs compétences dans le domaine de l'enseignement maritime, de la sécurité maritime et des activités maritimes ;
12° Cinq représentants des personnels civils relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
13° Un représentant des personnels militaires relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
14° Deux représentants des élèves ou stagiaires de l'école de formation des affaires maritimes désignés dans les conditions fixées par le règlement intérieur de l'ENSAM.
Le président du conseil d'orientation peut demander à une ou plusieurs personnes de son choix d'assister aux réunions de cette instance. Ces experts ont alors voix consultative.