Les chefs de clinique des universités de médecine générale sont recrutés par contrat par le président de l'université, après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche concernée.
Ils sont nommés pour une période de deux ans avec possibilité de renouvellements d'un an. La durée des fonctions ne peut en aucun cas excéder huit ans dans une ou plusieurs universités.
Pour exercer leurs fonctions au-delà de la quatrième année, les chefs de clinique des universités de médecine générale présentent leur candidature devant le conseil de l'unité de formation et de recherche concerné qui procède à leur audition. Le conseil établit une liste, classée par ordre de mérite, des candidats retenus. Le dossier des candidats proposés par le conseil est ensuite transmis à une commission composée du président de la sous-section du Conseil national des universités pour les disciplines de santé compétente pour la médecine générale, qui préside cette commission, et de deux rapporteurs désignés par le président de la section compétente pour la médecine générale parmi les membres des sections du groupe des disciplines médicales. Un au moins des deux rapporteurs est membre de la sous-section compétente pour la médecine générale. L'exercice des fonctions au-delà de la quatrième année est subordonné à l'avis favorable de cette commission.
Un arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur fixe les modalités de constitution des dossiers et de dépôt des candidatures pour le recrutement et pour l'exercice des fonctions au-delà de la quatrième année.
Au terme de leur première année de fonctions, il peut être mis fin au contrat par décision du président de l'université, sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche concernée.