La commission permanente est présidée par le vice-président du Conseil d'Etat. En l'absence du vice-président, la commission permanente est présidée par le président de la section administrative dont relève le projet ou, lorsque le projet relève de plusieurs sections, par le plus ancien des présidents concernés parmi ceux qui sont présents. En cas d'absence à la fois du vice-président et du ou des présidents de section concernés, elle est présidée par celui des autres présidents de section ou, à défaut, des membres présents le plus ancien dans l'ordre du tableau.
Les dispositions du dernier alinéa de l'article R. 123-6, des deux derniers alinéas de l'article R. 123-17 ainsi que de l'article R. 123-19 sont applicables à la commission permanente.