La sous-direction des frontières participe à la conception, à la rédaction et à l'application de la réglementation nationale et européenne et assiste juridiquement les services dans les domaines de compétence de la police aux frontières.
Elle anime et coordonne au plan national l'action conduite en matière de contrôle transfrontalier en liaison avec les autres administrations concernées par cette mission et assure le suivi des zones d'attente .
Elle met en œuvre la coopération opérationnelle européenne et internationale dans les domaines de compétence relevant de la police aux frontières et assure à l'échelle nationale, la coordination et la diffusion des échanges avec l'agence européenne Frontex. Elle contribue à la mise en œuvre des programmes et actions de coopération policière, en liaison avec la direction de la coopération internationale.
Elle participe à la définition des règles de sûreté applicables dans les emprises aéroportuaires, portuaires et ferroviaires, à leur mise en œuvre et à leur contrôle.