Le ministre chargé des ports maritimes désigne parmi les commissaires du Gouvernement des établissements concernés un commissaire coordonnateur et un commissaire coordonnateur adjoint. Le commissaire coordonnateur assiste aux délibérations du conseil de coordination interportuaire.
En cas d'absence ou d'empêchement du commissaire coordonnateur, ses pouvoirs sont exercés par le commissaire coordonnateur adjoint.
Les décisions du conseil lui sont soumises dans les conditions définies à l'article R. 5312-25.
Un membre du contrôle général économique et financier peut être associé aux travaux du conseil à sa demande.