La commission recommande au ministre compétent ou, le cas échéant, aux ministres conjointement compétents au sens du II de l'article R. 4125-4, soit de rejeter le recours, soit de l'agréer totalement ou partiellement. Son avis ne lie pas le ministre compétent ou, le cas échéant, les ministres conjointement compétents.
Le président de la commission peut recevoir délégation du ministre de la défense, lorsque celui-ci est compétent, seul ou conjointement, pour signer les décisions rejetant les recours formés auprès de la commission.