Le doyen de l'inspection de l'enseignement agricole dispose de l'autorité hiérarchique sur les agents affectés à l'inspection de l'enseignement agricole. Il dirige, organise et coordonne les activités de l'inspection de l'enseignement agricole, répartit les missions et rend compte au directeur général de l'activité de l'inspection.
Il veille au respect des procédures et des méthodologies.
Il assure l'organisation et le fonctionnement de la mission de contrôle pédagogique des formations par apprentissage prévue à l'article R. 6251-1 du code du travail, conformément à l'article 1er de l'arrêté du 25 juillet 2019 susvisé.
Il est nommé par le ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur général de l'enseignement et de la recherche, parmi les fonctionnaires titulaires d'un grade d'inspecteur général, d'ingénieur général ou équivalent.