Les membres des commissions pédagogiques nationales sont nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur pour une durée de cinq ans, à l'exception des représentants des étudiants d'IUT des spécialités de diplôme universitaire de technologie concernées ou des titulaires du diplôme universitaire de technologie de ces spécialités depuis moins de trois ans qui sont nommés pour deux ans. Le nombre de mandats est limité à deux consécutifs.
Tout membre nommé au sein d'une commission pédagogique nationale cesse d'en faire partie s'il perd la qualité en raison de laquelle il a été nommé. Il est alors remplacé par l'un des suppléants relevant du même collège jusqu'à la fin du mandat.