Lorsque des végétaux spécifiés sont déclarés contaminés par le ToBRFV suite à l'obtention d'un résultat d'analyse officielle positif, l'ensemble de l'unité de production est placé en confinement pour ne permettre aucune sortie de végétaux spécifiés ou de tout autre objet susceptible d'être contaminé. L'accès est restreint aux seules personnes réalisant les opérations prévues au présent article selon des modalités assurant l'absence de dissémination du ToBRFV.
Tout opérateur professionnel détenant un lot de semences déclaré contaminé est tenu soit de faire détruire sans délai le lot par incinération, soit de faire procéder à un traitement de décontamination du lot contaminé avec un produit autorisé pour cet usage. Si le lot de semences est de nouveau testé positif après une analyse officielle réalisée après réalisation du traitement de décontamination, l'opérateur professionnel est tenu de faire procéder à sa destruction par incinération.
Les végétaux spécifiés autres que les semences déclarés contaminés ou ayant un lien épidémiologique fort avec d'autres végétaux spécifiés déclarés contaminés, les végétaux spécifiés autres que les semences susceptibles de faire l'objet d'une contamination croisée ou présentant des symptômes et les substrats sont détruits en totalité par incinération ou par enfouissement et recouvrement à la chaux vive selon les recommandations de la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de la région concernée. A la suite de cette destruction, l'opérateur professionnel met en place des mesures de gestion comportant notamment la mise en place d'un vide sanitaire pour les végétaux spécifiés, la désinfection complète du matériel et des locaux de l'unité de production avec un produit et des concentrations adaptées ou par un traitement par la chaleur selon un protocole adapté. Les insectes vecteurs ou susceptibles de l'être sont détruits. Ces mesures de gestion peuvent être précisées par une instruction du ministre chargé de l'agriculture publiée au bulletin officiel du ministère de l'agriculture et de l'alimentation.
Le confinement est levé dès que les mesures prévues aux deuxième et troisième alinéas du présent article ont été mises en œuvre par l'opérateur professionnel.