Une comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable sous le contrôle du président du directoire selon un plan établi par ce dernier et approuvé par le conseil de surveillance après avis des commissaires aux comptes et du comité des engagements et des risques mentionnés à l'article 11.
Cette comptabilité permet de mesurer et suivre les coûts des différentes missions assurées par l'établissement public au titre des I à IV de l'article 1er de l'ordonnance du 21 avril 2016 susvisée.
Elle distingue les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.
Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé au préfet de la région Hauts-de-France au titre de l'article 4 bis de la même ordonnance.