Les opérations de recettes et de dépenses du compte de commerce « Régie industrielle des établissements pénitentiaires » sont exécutées, conformément aux dispositions du décret du 7 novembre 2012 susvisé, par un comptable nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du garde des sceaux, ministre de la justice.
L'ordonnateur et le comptable inscrivent ces opérations dans une comptabilité générale tenue selon des règles propres au compte de commerce.
Le comptable les transcrit dans la comptabilité générale de l'Etat. Il tient la comptabilité de stock et la comptabilité analytique d'exploitation avec le concours des services de l'agence du travail d'intérêt général et de l'insertion professionnelle des personnes placées sous main de justice. Il en exerce le contrôle et procède à l'inventaire annuel des stocks.