Une commission dont les membres sont nommés par arrêté du ministre de la défense est chargée de contrôler le tirage au sort ou l'élection des membres des conseils de la fonction militaire ainsi que l'élection et les propositions de désignation des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire. Elle est composée d'un conseiller d'Etat, président, de deux membres du corps militaire du contrôle général des armées dont le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire ainsi que d'un officier, d'un sous-officier ou officier marinier et d'un militaire du rang, choisis parmi les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Cette commission dispose d'un secrétariat dont les membres sont désignés par le ministre de la défense. Les membres de la commission et du secrétariat sont tenus à une stricte obligation de confidentialité et de discrétion professionnelle pour toutes les informations dont ils ont connaissance.