Pour étudier les questions soumises à son examen, le Conseil national consultatif des personnes handicapées organise neuf commissions spécialisées qui couvrent les domaines suivants :
-l'accessibilité, la conception universelle et le numérique ;
-la compensation du handicap et les ressources ;
-l'éducation, la scolarité, l'enseignement supérieur et la coopération entre éducation ordinaire et éducation adaptée ;
-la formation, l'emploi ordinaire et adapté et le travail protégé ;
-les questions européennes et internationales ;
-la santé, le bien-être et la bientraitance des personnes handicapées ;
-la culture, le sport et les médias ;
-la citoyenneté et les territoires ;
-l'organisation institutionnelle.
Neuf vice-présidents et dix-huit assesseurs représentant chaque commission spécialisée sont nommés par arrêté du ministre chargé des personnes handicapées parmi les membres du Conseil national consultatif des personnes handicapées, sur proposition de son président. Ils représentent, animent et rapportent les travaux de chaque commission spécialisée et participent aux réunions du comité de gouvernance.
Les commissions spécialisées peuvent inviter des personnes choisies en raison de leur expertise. Elles en informent le président du Conseil national consultatif des personnes handicapées.