Les services de la direction régionale des douanes et droits indirects de rattachement procèdent à un audit annuel de l'organisme agréé afin de vérifier le respect des prescriptions fixées par le cahier des charges.
L'organisme agréé conserve toutes les pièces justifiant de l'exercice de ses activités pendant un délai de trois ans. Ces pièces justificatives sont tenues à la disposition de l'administration des douanes et droits indirects.