La sous-direction des affaires européennes et multilatérales, en liaison avec les instances interministérielles compétentes et le ministère chargé des affaires européennes, assure le suivi des relations avec l'Union européenne dans le domaine scolaire ; Elle exerce les missions de coordinations transversales prévues au dernier alinéa de l'article 8 du décret du 17 février 2014 susvisé.
Elle est en relation avec l'ensemble des institutions européennes, internationales et multilatérales et les organismes qui interviennent dans le domaine de la francophonie, en appui à la délégation aux affaires européennes et internationales pour ce qui concerne le domaine universitaire.
En liaison avec le ministère chargé des affaires étrangères, et en appui aux directions concernées, elle contribue à la définition et à la conduite de la coopération bilatérale dans le champ éducatif avec chaque pays d'Europe, la Russie, les pays d'Asie centrale, le Caucase et la Turquie.
Elle participe à l'élaboration d'une politique d'ouverture internationale des établissements scolaires en œuvrant à la promotion de la mobilité.