Le secrétariat général comprend, outre le service de défense et de sécurité dont les missions sont définies aux articles R. 1143-1 à R. 1143-2 du code de la défense, les directions, délégations et services qui lui sont rattachés et dont les missions sont définies aux articles 3 à 40 et la délégation à la protection des données :
Le secrétariat général, conjointement avec la direction générale de l'enseignement scolaire, comprend également la direction du numérique pour l'éducation, dont les missions sont définies aux articles 53 à 57.