La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat.
Elle veille au respect des principes de l'organisation déconcentrée de l'Etat et assure la mise en œuvre et le suivi de la déconcentration.
Elle exerce une mission de coordination des mesures relatives à l'organisation et aux compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.
Elle suit les dossiers concernant la réforme de l'Etat local.
Elle contribue au suivi de la mise en œuvre des politiques gouvernementales en région et dans les départements, en lien avec les ministères concernés.
Elle anime les réflexions relatives aux missions des préfectures et sous-préfectures .
Elle garantit la mise en œuvre du ou des programmes relatifs aux moyens mutualisés de l'administration territoriale relevant de la responsabilité du ministre de l'intérieur, hors police et gendarmerie. Elle attribue les moyens correspondants et s'assure de la performance de leur gestion.
Elle veille au déploiement des démarches de qualité au sein du réseau des préfectures, sous-préfectures et directions départementales interministérielles.
Avec l'appui, le cas échéant, des directions d'administration centrale concernées, elle conçoit et diffuse au réseau des préfectures et sous-préfectures des outils d'amélioration de la relation aux usagers ainsi que des méthodes et procédures permettant une mise en œuvre efficiente des missions dont ce réseau a la charge.
Elle anime le réseau des préfectures, des sous-préfectures et des directions départementales interministérielles et participe à la coordination des actions déconcentrées de l'Etat, en lien le cas échéant avec les ministères et les directions d'administration centrale concernées.