L'Assistance publique-hôpitaux de Paris, les Hospices civils de Lyon et l'Assistance publique-hôpitaux de Marseille sont dirigés par un directeur général.
Le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris est assisté de trois directeurs généraux adjoints. Le directeur général des Hospices civils de Lyon et le directeur général de l'Assistance publique-hôpitaux de Marseille sont assistés chacun par deux directeurs généraux adjoints et par un secrétaire général.