La direction du transport aérien comprend :
― la sous-direction du développement durable ;
― la sous-direction des services aériens ;
― la sous-direction des aéroports ;
― la sous-direction de la construction aéronautique ;
― la sous-direction de la sûreté et de la défense ;
― la sous-direction de l'Europe et de l'international ;
― la sous-direction des études, des statistiques et de la prospective.
Le directeur du transport aérien est le commissaire délégué aux transports aériens.