La sous-direction des politiques publiques durables est chargée de développer des dispositifs et de prendre des initiatives contribuant à l'intégration des préoccupations environnementales dans l'ensemble des décisions et politiques publiques, notamment en matière d'équipement et d'aménagement du territoire, de gestion de l'espace, de politique agricole, de développement rural, de bio-économie, d'alimentation, d'infrastructures, de tourisme et d'urbanisme, y compris dans les espaces du littoral et de la montagne.
Elle anime la politique de l'évaluation environnementale et, à ce titre, est le correspondant de la formation d'autorité environnementale du conseil général de l'environnement et du développement durable et le point focal national au titre de la Convention d'Espoo, et prépare les avis d'autorité environnementale pour le compte du ministre en charge de l'environnement. Elle définit le cadre juridique de l'évaluation environnementale et de la participation du public relatives aux plans, programmes et projets.