Le conseil de gestion est composé de :
1° Quatre représentants de l'Etat :
a) Le directeur de l'agriculture et de la forêt ;
b) Le directeur de l'équipement ;
c) Le chef du service des affaires maritimes ;
d) Le commandant de zone maritime sud de l'océan Indien ;
2° Huit représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements :
a) Trois conseillers généraux ;
b) Trois maires désignés par l'Association des maires de Mayotte ;
c) Le président du Syndicat intercommunal pour l'eau et l'assainissement à Mayotte (SIEAM) ;
d) Le président du Syndicat mixte d'investissement pour l'aménagement de Mayotte (SMIAM) ;
3° Treize représentants des organisations professionnelles :
a) Trois représentants de la chambre d'agriculture, de la pêche et de l'aquaculture à Mayotte (CAPAM) ;
b) Deux représentants des comités villageois de pêcheurs de Mayotte désignés par leurs pairs ;
c) Le président de l'Association pour le développement de l'aquaculture à Mayotte (AQUAMAY) ;
d) Le président du Syndicat des pêcheurs professionnels mahorais ;
e) Le président de la Coopérative des pêcheurs de Mayotte (COPEMAY) ;
f) Le président de la chambre de commerce et d'industrie de Mayotte ;
g) Le président de l'Union maritime de Mayotte ;
h) Un représentant des opérateurs nautiques désigné par ses pairs ;
i) Le président du comité départemental du tourisme de Mayotte ;
j) Un représentant des clubs de plongée désigné par ses pairs ;
4° Six représentants des associations d'usagers :
a) Un représentant des pêcheurs en pirogue ;
b) Un représentant des associations de plaisanciers ;
c) Le président de l'association Mudana Club ;
d) Le président de l'Association des pêcheurs à pied ;
e) La présidente de l'Association des pêcheuses au djarifa ;
f) Le président du comité régional du kayak ;
5° Trois représentants d'associations de protection de l'environnement :
a) Le président de la Fédération mahoraise des associations d'environnement (FMAE) ;
b) Le président de l'Association des naturalistes de Mayotte ;
c) Le président de l'association Oulanga na nyamba ;
6° Sept personnalités qualifiées :
a) Un expert halieute désigné par l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER) ;
b) Un expert dans le domaine de la biodiversité récifale et des écosystèmes associés désigné par le comité local de l'Initiative française pour les récifs coralliens (IFRECOR) ;
c) Un expert dans le domaine des mammifères marins désigné par l'Office français de la biodiversité ;
d) Un expert dans le domaine de la protection du littoral désigné par le Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ;
e) Le président du conseil économique et social de Mayotte ;
f) Le président du conseil de la culture, de l'éducation et de l'environnement de Mayotte ;
g) Le directeur de l'école d'apprentissage maritime de Mayotte.