L'agrément vaut autorisation d'utiliser, dans le cadre des activités du conservatoire, la dénomination " Conservatoire botanique national " et son identité graphique enregistrées par le ministre chargé de la protection de la nature à l'Institut national de la propriété industrielle sous forme de marque collective. Les modalités de cet usage sont fixées par le règlement joint au dépôt de marque.
Le retrait de l'agrément emporte interdiction pour l'établissement d'utiliser la marque collective déposée.