Le conseil d'administration de l'office comprend quarante-trois membres répartis en cinq collèges composés comme suit :
1° Premier collège :
a) Huit représentants de l'Etat :
-deux représentants des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture dont le commissaire du Gouvernement ;
-un représentant du ministre chargé de la mer ;
-un représentant du ministre chargé du budget ;
-un représentant du ministre chargé de l'intérieur ;
-un représentant du ministre chargé de la recherche ;
-un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ;
-l'administrateur supérieur des terres australes et antarctiques françaises ;
b) Cinq représentants d'établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l'établissement ;
c) Trois personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine de la protection de la biodiversité terrestre, marine ou de la ressource en eau et des milieux aquatiques ;
2° Deuxième collège :
a) Trois représentants d'organisations professionnelles agricoles et forestières ;
b) Deux représentants des autres secteurs économiques concernés ;
c) Trois représentants d'associations agréées de protection de l'environnement ;
d) Deux représentants d'organismes gérant des espaces naturels ;
e) Quatre représentants des instances cynégétiques et des instances de la pêche de loisir ;
3° Troisième collège :
a) Deux représentants des comités de bassin ;
b) Trois représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements, dont au moins un représentant d'une collectivité d'outre-mer ;
4° Quatrième collège :
Quatre représentants titulaires et quatre représentants suppléants, élus du personnel de l'établissement ;
5° Cinquième collège :
Quatre parlementaires ainsi que leurs suppléants, mentionnés à l'article L. 131-10.
A l'exception des parlementaires et des représentants du personnel, les membres du conseil d'administration sont nommés, dans le respect des règles fixées aux dixième et onzième alinéas de l'article L. 131-10, par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture et, en ce qui concerne les représentants de l'Etat mentionnés au a du 1°, sur proposition du ministre dont ils relèvent.
Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture fixe les modalités d'élection, de suppléance et de remplacement des représentants du personnel.