Le président du conseil scientifique est élu par et parmi les membres du conseil scientifique. Un ou des vice-présidents peuvent être élus dans les mêmes conditions.
Le directeur général, le commissaire du Gouvernement et le président du conseil d'administration peuvent assister, avec voix consultative, aux réunions du conseil scientifique.
Le président du conseil scientifique peut également inviter à assister aux séances toute personne dont il juge la présence utile.
Il établit chaque année un rapport d'activité remis aux ministres de tutelle et au conseil d'administration.