Le groupement est géré sous forme de budget annexe au budget de l'établissement support du groupement. Il est doté d'une comptabilité distincte.
Le budget du groupement est voté par le conseil d'administration de l'établissement support du groupement, après avis de l'assemblée générale.
Conformément aux dispositions de l'article L. 421-11, les décisions relatives au budget et à la politique d'emploi et d'équipement du groupement sont transmises au recteur d'académie après le vote du conseil d'administration de l'établissement support. Dans un délai de trente jours courant à compter de la date de réception, le recteur d'académie peut s'opposer, par une décision motivée, aux décisions qui mettent en péril l'existence ou le bon fonctionnement du groupement.