En application du 2° de l'article D. 314-76, le conseil d'administration définit les zones territoriales dans lesquelles sont mises en œuvre les actions du Réseau Canopé au niveau local.
Chaque zone est dirigée par un directeur territorial qui y déploie la stratégie nationale du Réseau Canopé. Le directeur territorial met en œuvre des actions et des services dans les domaines d'expertise du Réseau Canopé, dans le cadre des politiques académiques ou régionales arrêtées par le ou les recteurs concernés. Il peut être assisté dans ses fonctions par un ou plusieurs directeurs territoriaux adjoints nommés par le directeur général.
Les directions territoriales concourent à l'accomplissement des missions définies à l'article D. 314-71 et interviennent dans le cadre des politiques académiques ou régionales définies par le ou les recteurs concernés.