Les dispositions des articles L. 719-4 à L. 719-9 du code de l'éducation et du décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 modifié relatif au budget et au régime financier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'Ecole nationale des chartes. Les compétences attribuées par ce décret au recteur de région académique sont exercées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Le budget est élaboré dans le respect de la coordination budgétaire et des ressources humaines prévue à l'article 15 des statuts de l'Université PSL.
Les instituts mentionnés à l'article 6 disposent d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école. Le budget est élaboré et voté dans les conditions définies par les articles 3,4,17,19,21 et 38 du décret du 14 janvier 1994 précité.