Le conseil d'administration et de recherche élit un président, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours et pour un mandat de quatre ans renouvelable, parmi les personnalités extérieures membres du conseil. Un vice-président est désigné dans les mêmes conditions. En cas d'empêchement temporaire du président, il convoque le conseil et en assure la présidence.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister aux séances du conseil, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.
Le recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités à Mayotte ou son représentant, le directeur, le directeur administratif des services et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.