Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués au recteur de région académique de Mayotte, chancelier des universités à Mayotte quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration et de recherche.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si le représentant de l'Etat à Mayotte n'a pas fait connaître son refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus d'approbation, le conseil d'administration et de recherche dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget ou ses modifications ne sont pas adoptés en équilibre réel ou lorsque le financement d'une dépense obligatoire n'est pas prévu, il est arrêté par le représentant de l'Etat. Le budget doit être adopté au 1er mars. A défaut, il est arrêté par le représentant de l'Etat.