Le comité de gestion du fonds procède à la sélection des projets. Il donne un avis sur l'octroi des aides financières et peut entendre le demandeur de la subvention. Cet avis est transmis au préfet pour décision.
Le comité de gestion élabore un règlement intérieur. Le préfet préside le comité. Il fixe l'ordre du jour et convoque les membres, qu'il a nommés par arrêté. Le comité se réunit avec un quorum de la moitié au moins de ses membres.
Le comité de gestion est organisé en deux sections, l'une pour les projets présentés par les personnes morales de droit privé et l'autre pour les projets présentés par les collectivités territoriales, leurs établissements publics ainsi que les autres personnes morales de droit public.
Pour l'attribution des fonds par la section réservée aux personnes morales de droit privé, le comité de gestion est composé des personnes suivantes :
― le trésorier-payeur général ou son représentant ;
― le directeur des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi ;
― deux représentants du conseil général ;
― un représentant du conseil économique, social, et environnemental ;
― un représentant du conseil de la culture, de l'éducation et de l'environnement ;
― une personnalité qualifiée désignée par le président du conseil général ;
― une personnalité qualifiée désignée par le préfet ;
― le directeur de l'Agence française de développement de Mayotte ou son représentant ;
― le commissaire au développement endogène pour l'océan Indien.
Pour l'attribution des fonds par la section réservée aux collectivités territoriales, à leurs établissements publics et aux autres personnes morales de droit public, le comité de gestion, présidé par le préfet, est composé des personnes suivantes :
― le trésorier-payeur général ou son représentant ;
― le recteur de l'académie ou son représentant ;
― le directeur de l'agence régionale de santé ou son représentant ;
― le directeur de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale ou son représentant ;
― le directeur de l'environnement, de l'aménagement et du logement ou son représentant ;
― le directeur de l'Agence française de développement de Mayotte ou son représentant ;
― deux représentants du conseil général ;
― deux représentants de l'association des maires ;
― deux représentants des établissements publics territoriaux ;
― deux représentants des personnes morales de droit public désignées par le président du conseil général ;
― une personnalité qualifiée désignée par le préfet ;
― une personnalité qualifiée désignée par le président du conseil général.
Le préfet et le président du conseil général peuvent entendre les experts de leur choix.
Le secrétariat du comité de gestion est assuré par le secrétariat général pour les affaires économiques et régionales de la préfecture de Mayotte.