L'autorité chargée de la mission de contrôle propose chaque année au ministre chargé de la politique de la ville, après échange avec l'Agence nationale pour la rénovation urbaine, un programme de contrôle, en tenant notamment compte du programme de travail arrêté par le comité d'audit de l'agence, des priorités de contrôle interne de l'agence et des travaux du commissaire aux comptes chargé de la certification des comptes.
Elle met en œuvre le programme de contrôle approuvé par le ministre chargé de la politique de la ville, après l'avoir transmis à l'agence.
Le rapport annuel sur la situation économique et financière de l'agence fait l'objet d'un échange écrit avec l'agence, avant sa finalisation et communication aux ministres chargés de l'économie et de la politique de la ville.