La gestion de l'infrastructure ferroviaire est comptablement séparée de l'exploitation des services de transport ferroviaire. Aucun fonds public versé à l'une de ces activités ne peut être affecté à l'autre. Les entreprises qui exercent des activités d'exploitation de services de transport ferroviaire et de gestion de l'infrastructure ferroviaire sont tenues de déposer tous les ans au registre du commerce et des sociétés des comptes séparés complets, comprenant bilan, compte de résultat et annexes. Ces comptes séparés distinguent, dans chacun de ces documents, les éléments relatifs, d'une part, aux activités d'exploitation de services de transport ferroviaire et, d'autre part, à la gestion de l'infrastructure ferroviaire.
Les comptes sont tenus de façon à permettre le suivi de l'interdiction de transférer des fonds publics d'une activité à une autre et le contrôle de l'emploi des recettes tirées des redevances d'infrastructure et des excédents dégagés par d'autres activités commerciales.
Les dispositions du présent article ne s'appliquent pas aux entreprises qui exercent des activités de gestion de l'infrastructure ferroviaire et d'exploitation de services de transport ferroviaire si elles n'exploitent que des services urbains, suburbains ou régionaux de transport ferroviaire sur des réseaux locaux ou régionaux autonomes destinés à des services de transport empruntant une infrastructure ferroviaire ou sur des réseaux destinés uniquement à l'exploitation de services ferroviaires urbains ou suburbains. Lorsqu'une telle entreprise est sous le contrôle direct ou indirect d'une entreprise exploitant des services de transport ferroviaire autres que des services urbains, suburbains ou régionaux, aucun fonds public versé à l'une de ces deux entreprises ne peut être affecté à l'autre et leurs comptes doivent être tenus de façon à permettre le suivi de cette interdiction ainsi que le contrôle de l'emploi des recettes tirées des redevances d'infrastructure et des excédents dégagés par d'autres activités commerciales.