La direction générale de la performance économique et environnementale des entreprises comprend les services suivants :
1. Le service Développement des filières et de l'emploi qui comprend :
- la sous-direction Filières agroalimentaires ;
- la sous-direction Filières forêt-bois, cheval et bioéconomie ;
2. Le service Compétitivité et performance environnementale qui comprend :
- la sous-direction Compétitivité ;
- la sous-direction Performance environnementale et valorisation des territoires ;
3. Le service Europe et international qui comprend :
- la sous-direction Europe ;
- la sous-direction International ;
4. Le service Gouvernance et gestion de la politique agricole commune qui comprend :
- la sous-direction Gouvernance et pilotage ;
- la sous-direction Gestion des aides de la politique agricole commune .