Le service de la fonction financière et comptable de l'Etat est chargé de la production et de la valorisation des comptes de l'Etat. Il conduit la politique générale en matière de responsabilité personnelle et pécuniaire des comptables publics en lien avec le service des collectivités locales. Il pilote, anime et coordonne au niveau national l'ensemble des acteurs de la fonction comptable de l'Etat.
Il définit la réglementation comptable, produit les comptes nationaux et assure le suivi des indicateurs de qualité comptable. Dans le cadre de la certification des comptes de l'Etat, il élabore le dossier annuel de clôture justifiant les comptes. Il est ordonnateur principal délégué des comptes spéciaux d'avances aux particuliers. Il assure la gestion centrale des crédits budgétaires pour les avances aux collectivités locales, des prêts et avances à des particuliers ou à des organismes privés. Il est chargé de la doctrine comptable, et de la conception et de l'animation des dispositifs de contrôle interne comptable.
Il vérifie et met en état d'examen les comptes des comptables de l'Etat et les comptes financiers des établissements publics nationaux. Il définit l'organisation comptable de l'Etat et la réglementation des recettes non fiscales de l'Etat. Il détermine les règles financières et comptables applicables aux établissements publics nationaux, aux groupements d'intérêt public nationaux, aux établissements publics locaux d'enseignement et aux organismes de sécurité sociale, soumis aux règles de la comptabilité publique. Il assure les fonctions d'ordonnateur principal délégué du compte spécial « liquidation d'établissements publics et liquidations diverses ».