Le service du contrôle fiscal définit la stratégie et les orientations générales de la mission du contrôle fiscal et assure le suivi de leur mise en œuvre. Il élabore les textes législatifs et la réglementation relatifs au contrôle fiscal et expertise les dossiers fiscaux complexes qui lui sont soumis.
Il assure l'organisation, l'animation et le pilotage du réseau et des directions nationales spécialisées du contrôle fiscal et le suivi de l'activité des services. Il pilote et anime le contrôle fiscal international et assure l'expertise des procédures et des dossiers fiscaux relevant du contrôle fiscal à caractère national ou international et l'action pénale. Il gère les relations avec les administrations et organismes partenaires dans la lutte contre la fraude, notamment la Haute Autorité pour la transparence de la vie publique, le parquet national financier, la commission des infractions fiscales, le service d'enquêtes judiciaires des finances et la brigade nationale de répression de la délinquance fiscale.