Les fonctions de comptable sont confiées soit à un comptable de la direction générale des finances publiques, soit à un agent comptable. Le comptable est nommé par le préfet sur proposition du conseil d'administration, après avis du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.
Toutefois, pour les régies créées à compter du 1er juillet 2020, le choix de confier les fonctions de comptable à un comptable de la direction générale des finances publiques est subordonné à un avis conforme du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques.